Benteng Indra Patra merupakan bagian dari 3 benteng dalam Trail Aceh lhee Sagoe. Trail Aceh Lhee Sagoe adalah wilayah yang menghubungkan tiga peninggalan zaman Hindu-Budha di Aceh. Jika ketiganya dihubungkan (Indrapatra, Indrapuri dan Indrapurwa) maka akan membentuk sebuah segitiga dan disebut juga Trail Aceh lhee Sagoe.

Benteng Indra Patra dibangun pada abad ke-7 Masehi oleh Putra Raja Harsa dari Kerajaan Lamuri, yaitu kerajaan Hindu pertama di Aceh (Indra Patra) sebelum kedatangan pengaruh Islam. Posisi benteng ini cukup strategis karena berhadapan langsung dengan Selat Malaka sehingga berfungsi sebagai benteng pertahanan dari serangan armada Portugis.

Di masa Sultan Iskandar Muda, seorang laksamana wanita pertama di dunia yang  terkenal dan disegani  yaitu Laksamana Malahayati, menggunakan benteng ini untuk pertahanan Kerajaan Aceh Darussalam dari serangan Portugis yang datang dari Selat Malaka.

Benteng Indra Patra berukuran besar dan terbuat dari susunan batu gunung setebal 2 meter. Perekat dinding benteng diperkirakan berupa campuran kapur, tanah liat, putih telur, dan tumbukan kulit kerang. Pada masa Kesultanan Aceh Darussalam, benteng ini digunakan sebagai pertahanan menghadapi armada Portugis.

Dimungkinkan benteng ini berperan dalam menghadang armada Portugis yang ingin memasuki Aceh melalui teluk krueng raya. Pada kawasan pantai teluk dimuara sungai krueng raya juga terdapat sebuah benteng lain yang bernama Benteng Iskandar Muda.

Benteng paling besar berukuran 70 x 70 meter setinggi 3 meter. Ada ruangan besar yang kokoh berukuran 35 x 35 meter setinggi 4 meter. Di sebelah dalam benteng utama terdapat 2 buah sumur yang dinaungi oleh bangunan berbentuk kubah.

Sekitar benteng masih banyak pondasi-pondasi lain yang tidak jelas bentuknya dan roboh disebabkan oleh kondisi alam. Pemugaran benteng ini pernah dilakukan setelah tsunami di Aceh tahun 2004. Kini Kantor Wilayah Departemen Pendidikan Nasional Aceh terus merenovasi benteng tersebut.